1. září 1981 byla ve Zruči nad Sázavou zřízena Zvláštní škola. 22 žáků školy (pouze 1. – 5.ročník) bylo rozděleno do dvou tříd. Škola byla umístěna ve 2 místnostech školní družiny základní školy (nad školní jídelnou).
Ve školním roce 1987/1988 byla zřízena třetí třída a do školy začali docházet žáci všech ročníků.
Ve školním roce 1988/1989 bylo otevřeno jedno oddělení školní družiny pro žáky I.stupně a několik žáků základní školy. V následujícím školním roce začal na několik let pracovat školní klub, kam docházeli žáci I. i II. stupně.
1.září 1997 proběhlo slavnostní zahájení školního roku 1997/1998 za přítomnosti zástupců Města Zruč nad Sázavou v nově zrekonstruované budově bývalé mateřské školy v Okružní ulici č.643. Docházku zahájilo 46 žáků. Rozděleni byli do 4 tříd. 30. června 1998 přestalo být Město Zruč nad Sázavou zřizovatelem školy a od 1. července 1998 se stal zřizovatelem Zvláštní školy Zruč nad Sázavou Školský úřad Kutná Hora. Budova byla nadále majetkem Města Zruč nad Sázavou a škola v ní sídlila bezplatně na základě smlouvy.
1. července 2000 vstoupila Zvláštní škola Zruč nad Sázavou do právní subjektivity a stala se příspěvkovou organizací. Nově byly přijaty mzdová a finanční účetní na zkrácené úvazky.
1. října 2001 se stal zřizovatelem školy Krajský úřad Středočeského kraje.
V červnu 2002 byl na škole zahájen provoz projektu INDOŠ – internet do škol. Škola byla napojena na internet a dostala 4 nové počítače (1 pro učitele a 3 pro žáky).
2. září 2002 zahájily do Zvláštní školy Zruč nad Sázavou docházku děti z bývalé Zvláštní školy internátní Zbraslavice, která se přetransformovala na Dětský domov do Zruče nad Sázavou.
6. října 2003 vstoupila v platnost darovací smlouva mezi Městem Zruč nad Sázavou a Středočeským krajem. Město Zruč nad Sázavou darovalo Středočeskému kraji budovu a pozemek v Okružní ulici 643 pro činnost Zvláštní školy Zruč nad Sázavou.
Od 1. září 2005 se Zvláštní škola Zruč nad Sázavou přejmenovala na Základní školu, Zruč nad Sázavou, Okružní 643 a docházeli sem žáci do 1. – 9. ročníku (i 10. ročníku ZŠ speciální), pracovalo 1 oddělení školní družiny.
Od 1. září 2017 má škola odloučené pracoviště v Uhlířských Janovicích, Komenského 400. Zde jsou 3 třídy a docházejí žáci 1.-9. ročníku, ale i 10. ročníku základní školy speciální.
Škola sídlí v budově Města Uhlířské Janovice společně s Českou poštou.
1. září 2018 vzniklo v Uhlířských Janovicích 1 oddělení školní družiny
1. září 2019 vznikla ve Zruči nad Sázavou speciální třída 1. stupně pro žáky s vadami řeči.
1. září 2021 vzniklo v Uhlířských Janovicích 2. oddělení školní družiny, kde pracuje vychovatelka na zkrácený úvazek pouze v době oběda.
